La commune des Cerqueux-sous-Passavant est traversée par deux ruisseaux : le ruisseau du Pont Moreau, qui vient de Saint Hilaire-du-Bois, et le ruisseau de la Gobetière qui vient de Saint Paul-du-Bois.

Les Cerqueux-sous-Passavant a vu sa superficie augmenter à deux reprises : en 1854, aux dépens de Saint Paul-du-Bois et de Cléré-sur-Layon, et en 1861, aux dépens de Nueil-sur-Layon.

L’origine du nom Les Cerqueux-sous-Passavant vient d’un cimetière de sarcophages retrouvé près du ruisseau "Le Pont Moreau".

Ce cimetière, situé sur le lieu "Sarcophagi", permettait aux fidèles de faire leurs prières. Au milieu du XI^ème siècle, le sire Sigebran de Passavant fit construire, à l’emplacement de l’ancien cimetière, une église qu’il confia aux moines de l’abbaye de Saint Jouin de Marnes, établis à Vihiers. Le cri de Sigebran était "Passe avant, le meilleur" qu’il adopta par la suite comme nom patronymique, transmis à la famille et au domaine. C’est également au XI^ème siècle que la paroisse "Sarcophagi" fut créée. Cette paroisse devint la paroisse Serqueuils de Passavant en 1594. C’est en 1796 que la commune prit son nom définitif "Les Cerqueux-sous-Passavant".

Pendant les Guerres de Vendée, des membres de la colonne infernale du général Bonnaire allèrent, le 21 janvier 1794, aux Cerqueux-sous-Passavant car ils savaient qu’il y restait des vivres. Lors de leur passage, ils tuèrent les habitants et incendièrent les maisons.

L’église actuelle des Cerqueux-sous-Passavant fut construite en 1727-1728 sur l’emplacement d’une première église. 
En 1863, des travaux ont été effectués dans l’église grâce au soutien financier de la fabrique, organisme chargé de gérer les biens de la paroisse. 
En 1928, une nouvelle restauration de l’église commença.

Le château des Landes a été construit au Moyen-age mais ne conserve de cette époque qu’un large portail ogival. Fortifié au XVI^ème siècle pendant la Guerre de Cent ans, ce château a été complètement reconstruit en 1850.

Aujourd’hui ce château, qui ne se visite pas, est connu pour abriter Bisonland, élevage de bisons et de daims.

Les Cerqueux-sous-Passavant sont aussi marqués par les légendes autour des fées.
Aux III^ème, IV^ème et V^ème siècles, des colonies de Bretons se sont installées aux Cerqueux, apportant avec elles leurs croyances. Ainsi fut introduit le culte de la fée « Couarde », qui signifie « Sorcière » et qui donna son nom à une fontaine près de la commune. 
Il fallut plusieurs siècles pour que ces croyances s’arrêtent. Charlemagne a même du intervenir pour interdire les cultes envers les fontaines et les fées.